scRNA · scATAC · scHi-C · spatial
多模态单细胞 · 三维基因组
做过的分析,不该随人走。
读过的文献、调好的参数、跑通的流程——留在这里,而不是某个人的硬盘里。scRNA、scATAC、scHi-C、空间转录组的实战经验,一间实验室长期可查的图谱。
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Index · 按模态进入
七条主线,各自成图
每个模态是一棵自包含的树:建库原理 → 分析步骤 → 参数与踩坑 → 可下载的运行包。
01
单细胞转录组 scRNA
细胞类型、状态与调控网络
CellRanger · 注释 · DEG · Monocle · SCENIC · WGCNA · CCI
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02
染色质开放 scATAC
调控元件与转录因子活性
SnapATAC · chromVAR · DAR · AME · BETA · Cicero
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03
三维基因组 scHi-C
TAD、loop 与区室结构
pairtools · cooler · scGAD · TAD · Loop · HiRES
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04
空间转录组 Spatial
组织原位的表达与结构域
cell2location · 空间可视化 · Spot 注释
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05
跨模态整合 Multi-omics
把 RNA / ATAC / Hi-C 拼成一张调控图
SCENIC+ · AME × DEG · HiC × RNA × ATAC
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06
建库与测序 Sequencing
每个模态的建库化学与测序策略
3C→Hi-C · scRNA/ATAC 建库 · 读长与策略
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07
RNA 空间互作 RIC-seq
RNA–RNA 邻近连接、eRNA/uaRNA、E–P 互作
pCp-biotin · chimeric reads · eRNA-uaRNA · vs Hi-C
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Pipeline · 内容怎么进来
文件系统是源,平台只做索引
01本地写用 Typora 写正文,Obsidian 看双链;图片走
./images/ 相对路径。02推到仓库
git push 或 sftp 到服务器的 content/,平台不与文件系统争夺。03自动索引后台
watch_content 检测变更,跑 sync_content 纳入树与搜索。04网页协作浏览、评论、补充;改他人内容走审核流,版本进快照。